本系碩士在職專班包含資訊應用組與電子商務組。課程架構承襲一般生碩士班基礎,並針對在職人士(多數為教育產業教師與實務界人士)的需求量身打造,由內而外分為三大層次:
承襲資訊服務架構,涵蓋資訊決策服務、資訊技術服務,以及電子商務組的專業知識。
著重科學方法與分析工具之訓練,增進邏輯嚴謹性,強化在職學員對實務問題之分析與解決能力。
特別增列「教育產業應用」區塊,滿足雲嘉地區中小學教師之進修與論文研究需求。

共同必修為「研究方法論」(教授質化與量化科學方法,協助論文撰寫),而「高等資訊管理」則為資訊應用組的分組專業必修課程。
資訊應用組之選修課程涵蓋以下四大類別,滿足實務與研究需求:
以培養電子商務專業知識為主幹,包含服務整合類及行銷類,著重商流、物流、金流及網路行銷研究能力。代表性課程包含:


